En el año 2004, se aprueba la Maestría en Ciencias Agrarias (MCA), con cuatro opciones iniciales: Ciencias Animales, Ciencias del Suelo, Ciencias Vegetales y Ciencias Sociales. En agosto de ese año ingresó la primera generación de estudiantes de la Maestría en Ciencias Agrarias, con 69 inscriptos.
En el correr de los años se amplió paulatinamente la oferta de Posgrados ofrecidos, iniciando en el año 2005 la Maestría en Desarrollo Rural Sustentable. Posteriormente, se incorporó la opción de Bioestadística.
La Unidad de Posgrados y Educación Permanente se crea en el año 2008 con la necesidad de que las Maestrías y Doctorados tengan una estructura académica y muestra las distintas áreas de las Ciencias Agrarias. Las actividades, cursos y tesis son ofrecidos por el mismo Colegio de Posgrados, es decir, el cuerpo de profesores e investigadores de la Universidad de la República, el Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria, y otras instituciones nacionales y extranjeras que participan del programa.
En el año 2009 se incorporan los diplomas profesionales y se aprueba el Diploma y Maestría en Agronomía. También en este año, se aprueba la Especialización en Industria Cárnica (en conjunto con Facultad de Veterinaria y el Instituto Nacional de Carnes (INAC), entre otros).
En el año 2010 se aprueba el Doctorado en Ciencias Agrarias y en el año 2013 la Maestría en Ciencias Nutricionales, en conjunto con la Facultad de Ciencias.
Actualmente, se han inscrito más de 850 estudiantes a la Maestría en Ciencias Agrarias, en sus distintas opciones, y se han graduado de este programa más de 420 estudiantes. Han ingresado al Doctorado en Ciencias Agrarias 250 estudiantes, y han egresado 87 Doctores/as.
Con motivo de cumplirse los 20 años de la primera generación de estudiantes de la MCA, la Unidad de Posgrados y Educación Permanente, realizará una Jornada Académica el día 15 de noviembre, de 8:30 a 13:00h, en el Anfiteatro de la Facultad de Agronomía. Además, durante los primeros 15 días de este mes, estarán expuestos de manera virtual, en el hall central, algunos trabajos de egresados de la Maestría en Ciencias Agrarias y del Doctorado en Ciencias Agrarias realizados en los últimos diez años.